はい。

ScanSnap は、TWAIN・ISISなど標準のスキャナードライバではなく、ScanSnap 専用ドライバで動作しますので、リマーク から直接スキャナーを操作することはできませんが、ScanSnap で作成したカラーJPEGファイルであれば、リマーク Office OMR でも処理することが可能です。
申し訳ありませんが、PDFファイルには対応しておりません。