次の2点について確認を行ってください。

1. マークの形状について
   
   マークの中に文字が含まれていてるものをご使用の場合、マーク内の文字が大きいために、塗りつぶしていないマークでも塗りつぶしたものとして判断されてしまっていると推測されます。
   
   もしマークの中に文字を入れる場合(例えば、文字や数字を丸で囲むようなもの)、文字は小さめに、マークより薄めにしてください。
   
   下記より、開発元が配布している、マークの中に数字が入ったOMR用のフォントをダウンロードしていただき、そのフォントをご使用いただくことをお勧めいたします。
   
   [ OMR用のフォントをダウンロード ]
   
   
   
   ダウンロード後、コントロールパネルのフォントを選択し、『ファイル』メニューから『新しいフォントのインストール』を選択して、「OMR Bubbles」を指定します。
   
   WordやExcel等でフォントを「OMR」に指定し、マークを作成して下さい。
   
2. 塗りつぶしの濃さについて
   
   マークを塗りつぶしている面積が少なかったり、薄かった場合、塗りつぶしがされているにも関わらず、塗りつぶしがされていないとみなされてしまう可能性があります。記入の際、塗りつぶしは濃く、はっきりと行っていただくことをお勧めいたします。