一部のフラットベッドタイプのスキャナーでこの現象が確認されております。
この現象を避けるためには、「スキャナプロパティ」画面の「ユーザインターフェイスの表示」ボックスにチェックを入れてスキャンを実行してください。

ユーザインターフェイス画面が表示されますので、そこで条件を設定してスキャンを実行すれば正常に動作いたします。