テンプレート作成時に両面印刷用紙や複数枚の用紙をスキャンすると「ページの挿入」ウィンドウが表示されます。

ここで「はい(Y)」ボタンを押すと、テンプレート作成画面に複数のページが表示されます。
それぞれのページに認識フィールドを設定し、テンプレートを保存します。

完成したテンプレートを開くと、1つのテンプレート内に各ページのデータがまとめて格納されていることが確認できます。