はい、対応しています。
ScanSanpでリマーク用の「プロファイル」を設定し、それでスキャンしてください。

１．「プロファイル」作成　※初回のみ
ScamSnap付属のソフト「ScanSnap Home」でリマーク用の「プロファイル」を設定します。
１）「ScanSnap Home」を起動→「設定」メニュー→「スキャン設定」を選択します。
２）画面右上のアイコンをクリックし、プロファイルを追加します。

３）画面左側にある「フォルダに保存」を選択します。
４）プロファイルを作成します。

５）画面右下の「追加」ボタンをクリックします。
６）追加したプロファイルのアイコンが表示されます。「スキャン設定」を閉じます。

７）「ScanSnap Home」画面の左側に追加したプロファイルが表示されることを確認します。

２．テンプレート用イメージのスキャン　※初回のみ
リマークで認識処理を行うにあたり、処理対象の用紙イメージを取り込んでテンプレートを作成する必要があります。
１） ScanSnapに未記入の用紙をセットします。
２）「ScanSnap Home」を起動し、左上にある「Scan」ボタンをクリックします。
３）作成したリマーク用のプロファイルを選択します。

４）ScanSnap本体にある「Scan」ボタンをクリックすると、スキャン後、指定フォルダにスキャンイメージが保存されます。
５）このスキャンイメージを使用し、リマーク Office OMR Template Editorで、リマークのテンプレートを作成します。

３．記入済み用紙のスキャン
配布する記入用紙は、テンプレート作成時に使用した未記入用紙と同じもの（同じ設定かつ等倍率で印刷したもの）をご利用ください。
配布→記入→回収した記入済み用紙をScanSnapでスキャンします。
１）ScanSnapに記入済み用紙をセットします。
２）「ScanSnap Home」を起動し、左上にある「Scan」ボタンをクリックします。
３）作成したリマーク用のプロファイルを選択します。
４）ScanSnap本体にある「Scan」ボタンをクリックすると、スキャン後、指定フォルダにスキャンイメージが保存されます。
５）このスキャンイメージをリマークに取り込みます。

補足：ScanSnap及び「ScanSnap Home」の操作はScanSnapのマニュアルをご覧ください。不明点はScanSnapのサポート窓口にご相談ください。